1987年起,民航开始以"政企分开、简政放权、机场与航空公司分设"为主要内容的第二轮重大管理体制改革。
上一年,国务院副总理李鹏分别于7月8日、7月12日、7月16日、8月17日,先后4次召集研究民航体制改革问题,听取民航局汇报,并于11月13日,主持召开民航工作办公会议,研究同意民航系统体制改革方案和实施步骤。
1987年1月30日,国务院批准民航局《关于民航系统管理体制改革方案和实施步骤的报告》。1987年至1992年间,分别成立了6个地区管理局、6家骨干航空公司、6大机场。各类企事业单位从民航局独立出来,民航局作为主管民航事务的部门,行使行政管理职能,不再直接经营航空运输。