5月20日民航局《关于开展灾后卫生防疫工作的通知》下发后，管理局高度重视，立即向辖区各民航单位下发了《关于加强灾后卫生防疫工作的通知》，提出了在保障抗震救灾运输任务的同时，做好航空器和机场候机楼病媒生物消毒和卫生防疫工作的要求。5月22日，管理局组织相关人员对上海地区有关航空公司转运伤员的卫生防疫、航空运输医疗保障等方面的工作进行了全面检查，并提出了具体意见和建议。同时各监管办也加强了对辖区内各单位防疫工作的督查，确保民航各项运输工作有序、有效地进行。

    此外，为确保航空运输卫生安全，各相关单位根据民航局和当地政府有关要求相继成立了卫生防疫工作领导小组和卫生防疫工作小组，明确了相关工作职责，制定了“抗震救灾卫生防疫工作方案”和“抗震救灾卫生防疫实施方案”；建立了信息报告制度，实行专人负责，要求各部门隔天报告，一旦发现传染病病人或疑似病人按要求及时、逐级上报；部分航空公司配发了防护、消毒用品，其中，山东航空公司对每架执行灾区航班的航空器上配备了防护用品，由专人负责并做好交接工作；上航5月23日向公司成都、重庆营业部配发了部分防护、消毒用品，并在公司每架飞机上配备了个人防护用品；东航加强了对食品供应单位的严格要求，对救灾食品的储存、运输全过程进行监督检查，确保饮用水和食品的卫生质量；厦航结合夏季爱国卫生运动大力开展环境的综合治理，集中开展飞机及公司环境卫生整治和以灭蚊蝇为主的“除四害”活动，有效降低病媒生物密度。截至5月25日，民航华东地区相关机场共消毒、灭虫运送伤员的航空器19架次，参加人员68人次；民航上海医院向灾区捐助了308公斤、价值12958.2元的医疗防护物品。